Partindo da borda da plataforma continental, pode-se dizer que ela entra no grandes profundidades, caracterizado pela praticamente falta de luz. É o zona batial, que inclui o talude continental, seguido da área de planície abissal com mais de 3.000 metros, e a área de hadal, típica das fossas marianas.
Essas áreas profundas têm um empobrecida ictiofauna marinha devido à falta de comida, a baixa concentração de oxigênio, as pressões muito altas e uma temperatura constante muito baixa.
No Mediterrâneo, a diminuição é especialmente notável, Além dos 1000 metros de profundidade, apenas 36 espécies são registradas de peces. Fatores ambientais extremamente severos são agravados neste mar pela superficialidade do Estreito de Gibraltar, que impede a passagem de espécies profundas do Atlântico.
Os espécies mesopelágicas e batipelágicas, entre 200 e 1000 m, têm formas mais ou menos estranhas que se afastam muito daquela que é a concepção ideal de um peixe típico. Um bom exemplo desta morfologia rara é o peixe machado. A maioria de peces Nessas grandes profundidades são dotados de órgãos luminosos ou fotóforos, que podem servir tanto para reconhecimento intraespecífico quanto para atrair possíveis presas.
Em geral, eles são pequenos em tamanho. Existem, no entanto, exceções notáveis, por exemplo, 'Regalecus Glesne'pode atingir e exceder até três metros de comprimento. Famílias mesoplégicas típicas são, entre outras, as mytophids, The magricela, The gonostomatídeos, The focado e os presentes.
Muitos desses peixes mostram migrações verticais significativas, e mover à noite para níveis epipelágicos. Alguns vão até 1000 metros à noite, migrações noturnas verticais entre 300 e 700 metros são relativamente normais em muitos mictofídeos.
Os espécie betônica desta área estão geralmente localizadas acima de 1000 m de profundidade. Entre 2.000 e 3.000 m de profundidade, o número total de espécies é reduzido a apenas sete no Mediterrâneo.