A partir d'la vora de la plataforma continental, es pot dir que s'endinsa en les grans profunditats, Caracteritzades per la pràcticament manca de llum. és la zona batial, Que comprèn el talús continental, seguida per la zona de la plana abismal amb més de 3.000 metres, i la zona hadal, pròpia de les fosses de les marianes.
Aquestes zones profundes tenen una ictiofauna marina empobrida causa de la falta d'aliment, La baixa concentració d'oxigen, les altíssimes pressions i una temperatura constant molt baixa.
A la Mediterrània, la disminució és especialment notable, més enllà dels 1000 metres de profunditat només se citen 36 espècies de peces. Les situació d'extrema duresa dels factors ambientals es veu agreujada en aquest mar per la poca profunditat que presenta l'estret de Gibraltar, que impedeix el pas d'espècies profundes des de l'Atlàntic.
Els espècies mesopelágicas i batipelágicas, Entre 200 i 1000 m, presenten formes més o menys estranyes que s'aparten bastant i el que és la concepció ideal d'un peix típic. Un bon exemple aquesta rara morfologia és el peix destral. La majoria de peces d'aquestes grans profunditats estan dotats d'òrgans lluminosos o fotòfors, que poden servir tant pel reconeixement intraespecífic com per atraure possibles preses.
En general, són de mida petita. Hi ha, però, notables excepcions, per exemple, 'Regalecus glesne'Pot arribar i sobrepassar fins i tot els tres metres de longitud. Famílies mesoplégicas típiques són, entre altres, els mictòfids, els escanyolits, els gonostomàtids, els bits i als regalits.
Molts d'aquests peixos presenten unes migracions verticals importants, i es desplacen de nit fins a nivells epipelágicos. Alguns arriben a remuntar fins a 1000 metres durant la nit, són relativament normals en molts mictófidos migracions verticals nocturnes d'entre 300 i 700 metres.
Els espècies betónicas d'aquesta zona solen situar-se per sobre dels 1000 m de profunditat. Entre els 2.000 i els 3.000 m de profunditat el nombre total d'espècies es redueix a tan sols sent a la Mediterrània.